Nacido en 1932, en Fráncfort, Stavenhagen pertenece a una familia que tuvo que emigrar de Alemania en 1940 debido a la Segunda Guerra Mundial. Ese mismo año Stavenhagen arribó a México donde luego de cursar los estudios básicos se inscribió a la licenciatura en sociología de la UNAM, para luego convertirse en defensor de los pueblos indígenas.
Obtuvo una licenciatura en la Universidad de Chicago en 1951; y también egresó de la Escuela Nacional de Antropología e Historia en 1959, con título de etnólogo. Realizó un doctorado en sociología por parte de la Universidad de París en 1965.
Fungió como subdirector general de la UNESCO para las Ciencias Sociales; Director General de Culturas Populares de la Secretaría de Educación Pública; y como presidente del Fondo para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas de América Latina y el Caribe. Además, como Presidente de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales; Vice-presidente del Instituto Interamericano de Derechos Humanos; miembro del Consejo de la Comisión Nacional de Derechos Humanos; y presidente fundador de la Academia Mexicana de Derechos Humanos.
Ha sido profesor visitante y conferencista en numerosas universidades de América, África, Asia y Europa. Recibió el doctorado honoris causa de la Universidad Erasmo de Rótterdam, y de la Universidad de Tromso, Noruega. Entre 2001 y 2008 fue designado como Relator Especial de la ONU para los Derechos Humanos de los Pueblos Indígenas.
En 1997, Rodolfo Stavenhagen fue condecorado con el Premio Nacional de Artes y Ciencias. En la actualidad, se desempeña como profesor-investigador emérito de El Colegio de México, y como investigador nacional emérito del Sistema Nacional de Investigadores.
Algunos de sus libros son: Los pueblos originarios: el debate necesario; El desafío de la Declaración. Historia y futuro de la Declaración de la ONU sobre Pueblos Indígenas (coeditado con Claire Charters); Los Pueblos Indígenas y sus Derechos (Informes a Naciones Unidas). También se encuentran títulos como Conflictos étnicos y estado nacional; La cuestión étnica; Derechos humanos de los pueblos indígenas; Entre la ley y la costumbre: el derecho consuetudinario indígena en América Latina (con Diego Iturralde et al.); Derecho indígena y derechos humanos en América Latina; Las clases sociales en las sociedades agrarias; Sociología y subdesarrollo, y Desarrollo agrícola y estructura agraria en México (con Sergio Reyes Osorio et al.).