Cuando se diseñó el teatro se siguieron tres reglas: respetar al máximo el medio ambiente de la jungla, ocultar el teatro dentro de los manglares y jugar con las líneas sinuosas y formas orgánicas. El teatro y las amplias instalaciones fabricadas de madera están construidas alrededor de un gran cenote, muy abundantes en la península de Yucatán. Los cenotes son pozos naturales resultantes del colapso de roca caliza que expone las aguas subterráneas. Los mayas creían que estos estanques de agua dulce eran puertas sagradas a la vida después de la muerte y sus aberturas representaban portales sagrados hacia un inframundo mítico. La arquitectura y estética del teatro refleja y celebra el respeto reverencial de los mayas por la naturaleza y son inspiradas en la belleza natural de la envolvente jungla que está encima de un laberinto subterráneo de ríos y cenotes. El concepto entero del lugar en donde cobra vida el espectáculo Joyà quiere dar la impresión de que los visitantes sientan las experiencia de bordear un gran cenote con sus manglares y estanques, piedras corales y una cascada. Desde el comienzo del espectáculo, Joyà despliega una serie de alusiones sutiles a la historia y la cultura de México, como la migración de las mariposas monarca o las referencias al asteroide que se dice impactó en la península Yucatán hace 66 millones de años y que causó la extinción masiva de los dinosaurios. Es el eco de este asteroide el causante al principio del espectáculo del caos en el Naturalium de la mano de Zelig, la nieta del viejo naturalista que narra la historia como un personaje semejante.